沉淀仓作为作为池水进入过滤系统的第一个单元，工作原理特别简单，就是当水流通过PVC管进入沉淀仓后流速急剧下降，体积较大的固体杂物就因为自身比重较大的关系而沉降在沉淀仓里。很多人认为设计一个完全没有任何滤材的沉淀仓是在浪费空间，其实当他日后看到很多的固体废物沉降在这个单元里而不是进入物理和生物滤室里就会庆幸这样做是完全有必要的。
沉淀仓一定需要有较大的体积以便缓和水流的流速。在沉淀仓里经常会采用一些孔隙较大的挡板之类的设计以帮助减缓流速，这样较大颗粒的固体杂物就很容易被沉降下来。
当然我们不能寄希望于沉淀仓能够解决所有的固体废物问题——除非你的沉淀仓足够大——对于大多数的爱好者们来说这并不现实，许多漂浮的小颗粒的固体废物因为其比重和水相当所以很难沉淀下来，它们将被带入下一个物理过滤的单元。这一点无关紧要，因为我们的毛刷滤仓就是专门为解决这一问题而设置的，而且每个毛刷滤仓的底部都是一个沉淀仓。
对于一个深度两米以上的锦鲤鱼池来说，进入沉淀室的水一般是鱼池里的中层水和一部分的表层水，池子底部其实就是一个大的沉淀仓，因而鱼池底部的水一般被直接排出。而对于一个深度一米左右的鱼池来说这一点无关紧要，因为鱼的游动足够把底层的水扰动起来。所以对于一个深度相对较浅的鱼池来说一般都是采用底水入滤的办法。
为了不扰动沉淀仓下面沉积的大颗粒固体杂物并把它带入下一个过滤单元，一般都采用中部入水上部出水的水流方式。而且一般入水的管至少要距滤仓底部40公分以上，这样才不会因为入水的水流冲力而干扰到沉淀的效果。
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