鱼池的过滤仓是整个过滤的重要一环。是鱼池水质保持的关键。可以划分为毛刷过滤仓、生物过滤仓和植物过滤仓。
毛刷过滤仓
最主要的材料就是毛刷，毛刷无疑是一种最好的滤材，其重量轻、构造简单方便清洗;即便较长时间不清洗也不会堵塞;其粘附异物的功能极强;不同的尺寸可以应付不同大小过滤室的需要。同时由于其上面极易附着大量的净水微生物而往往被作为生物滤材——甚至有人把所有的滤仓都放上毛刷作为滤材。毛刷作为物理滤材要求要尽可能高密度地排放，否则还是会有许多的固体废物通过毛刷室而直接进入下面的生物过滤单元。实际上少部分的固体废物成为“漏网之鱼”这一点几乎是不可避免的——除非你采用了压力砂滤器。所以我们所有滤室的底部都是为沉淀和底排设置的。
其它可以代替毛刷作为物理滤材的还有粗砂砾等，一般要求其直径不能大于25毫米。砂砾做为滤材优点是价格便宜，但主要缺点就是彻底清洗时重量太大而翻动麻烦。好在只要经常底排反冲也不需要过多地清洗。
生物过滤仓
生物过滤仓往往包括多个互相联通的单元。我们饲养的不仅仅是锦鲤，还有数以亿计的微生物。这些净水微生物对整体水质的状况将产生至关重要的决定性影响。净水微生物需要它们赖以生长的温床，而生物滤室就是提供给它们的最好的生长场所。可以说池水在流入这些生物滤室后才真正进入净化还原水质的阶段。
为什么要设立多个相互联通的生物滤仓单元呢?
我们知道生物滤室的主要功能已经不再是阻隔水中的固体废物了。生物滤仓的主要功能就是利用附生在滤材表面的净水微生物对水质进行净化和还原。这些微生物只有在流水中才能保持其自身的活力和功能。多个互联的生物过滤单元要防止出现死水区而导致的部分滤材的生物功能失效。
第二个目的，就是生物滤仓中往往被放置多种不同特点和功用的滤材——如砂砾、珊瑚砂、过滤垫、沸石、麦饭石、塑料发卷(即“生化球”)、玻璃环等等。而多个互联的滤室可以分别按设定的顺序放置而不致于把它们胡乱地堆成一团。
还有一个目的，就是当我们清洗生物滤器的时候不能一次性全部清洗，因为这样做会因为净水微生物的大量损失而导致水质出现大的波动。分成多个互联的滤室就可以很好地解决这个问题，要清洗时可以每隔半个月分别清洗，这样可以保持整个滤器的微生物数量和水质的相对稳定性。
设计生物滤器应注意的几点要求：
1、让每个滤室的水流是从下而上地流经生物滤材。只有这样的水流方式才能让水中残留的固体废物更多地停留在滤室的底部而不是停留在滤材上。而且这样设计也便于底排和反冲清洁滤材。
2、在每个滤室的过滤支持物到滤室底部最少要留出30公分以上的高度，以利于残留固体废物的沉降，实际上只有条件许可，越大的高度和容积将越有利于沉降的效果。
3、溢流过滤有一个缺点就是曝氧不足，而大多数的净水微生物都是好氧菌。如果没有足够的氧气那么它们的功效就要大打折扣的，甚至于还要和池塘里的鱼竞争氧气。所以在设计时要考虑到用气泵给滤室曝气，而气头最好设在两个水流档板之间的位置上。
4、每种滤材的性能都不尽相同，大家应该从自己的实际情况出发去考虑具体采用什么滤材。如水质有些偏酸就多采用些珊瑚砂作为滤材，而沸石具有吸收氨的特殊功效等等。
植物过滤仓
即使是一个完美的滤器也不能保证锦鲤所产生的所有废物——主要是指无色的有机溶解物——完全被净化。况且生物过滤仓里的净水微生物作用是把有毒的氨和亚硝酸盐转化成毒性较低的硝酸盐，而不是完全洁净的水。要去除硝酸盐有两个办法：一是换水，是个比较麻烦的工作;另一个方法就是利用植物的吸收。硝酸盐是植物赖以生长的营养物质，许多水生植物能够大量地吸收这种物质。最为贪婪和典型的就是水浮莲。但是从野外采集的水浮莲一定要注意杀虫和杀菌，否则把病害带入池子里的后果是灾难性的。其它还有一些植物如水生的菖莆和水田芥等也是很好的食客。这里顺便介绍一种来源非常方便的植物——空心菜。它也是一种可以浮游在水面生长的植物，而且对水里的富营养物质的吸收能力很强，更重要的是它不会带入有害的因素。我曾经试过，从它们疯狂成长来看效果应该不错。
浮水性的植物可以直接放在滤室的水面上;而挺水性的植物最好要种在塑料篮子里，再放入水中;种植的介质最好是砂砾而不是泥土。
植物过滤仓经常被设计成迷宫状，为的是让浮水性的植物不被水流带入池中。其实也可以做成是一断弯弯曲曲的水道。水在流经这一断长满了水生植物的水道时不但得到净化而且还因为更多接触空气的关系而溶入了更多的氧气。
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