三湖慈鲷的雌雄辨别根据鱼种的不同，辨别的方法也不一样。对于那些雌雄两态的三湖慈鲷来说，雌鱼与雄鱼体色和条纹差异很大，只要知道了品种，再查找相关图片就可以轻易辨认。
三湖慈鲷雌雄辨别的主要难度来之于那些雌雄同态的鱼种，而不同的三湖慈鲷雌雄辨别又有些许不同，例如：雄性蓝波臀鳍上会有较多的卵斑，而雌性几乎没有；雄性萨伊蓝六间会起头，而雌性不会；雄性蓝面蝴蝶的嘴巴是像前凸的，而雌性蓝面蝴蝶的嘴是呈圆弧形的；还有部分三湖慈鲷可以通过查看臀鳍的是圆的还是尖来判断雌雄。
雄性（小而尖）
雌性（大而圆）
上面的方法虽然可以解决部分三湖慈鲷的辨别难题，但有一定的误差，而且局限性很大。被公认的比较准确的方法是查看生殖乳头的大小判断，在同样大小的鱼中雄性三湖慈鲷的生殖乳头较小，而雌鱼为方便排卵，生殖乳头比雄鱼大的多。但有些非口孵类的三湖慈鲷卵的体积比较小，靠生殖乳头的大小就不好判断了。这时候还需要结合形状来判断，雄性三湖慈鲷的生殖乳头是比较尖的，而雌性三湖慈鲷比较圆。
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