因为鱼缸长藻对锦鲤的危害还是占大多数的，而且很多锦鲤养殖者对控制鱼缸藻类这个繁殖量有一定的难度，因此需要控制鱼缸内长藻。最好的办法就是保持水质的清洁度、新鲜度，还有就是需要杜绝藻类的食物来源，彻底的控制鱼缸内长藻，这种方法叫做生物控制长藻。
生物控制长藻除了要杜绝藻类的食物来源以外，还可以在鱼缸内放一些清洁工或是小螺等。但是由于锦鲤体表外有一层很滑的粘膜，清洁工会吸附锦鲤体表外的这层保护粘膜，这样就会导致锦鲤鱼生病等等，所以也是最不建议放清洁工的（有一定混养经验的高手除外），而对于螺来说，因为锦鲤是杂食性鱼类，很有可能会将放在鱼缸内防止长藻的螺吃掉，采用这种方法的人很少。
杜绝藻类的食物来源就需要合理安排鱼缸内锦鲤的养殖数，如果养殖密度过大，鱼便就会相应增多，这样不仅给自己的消化系统增加了工作负担，更是给力藻类有机可乘的机会，藻类会吸收这些“食物”从而加速自己的繁殖。除了适合的饲养密度以外，还要注意及时清理鱼缸内的鱼便或是食物残渣，如果这些杂物没有及时清理掉，同样是给藻类营造舒适生存环境，从而对锦鲤的危害更大。
生物控制长藻还可以加强消化系统，也就是让硝化细菌大量的繁殖。可以是每半月加一次市面上买的硝化细菌液或是硝化细菌颗粒。硝化细菌强大了，就会更加快速的对这些杂物进行分解，最终分解成无害的亚硝酸盐等。
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