化学过滤就是在过滤的过程中负责吸附介质的滤材，吸走化学污染物和重金属的过程反应后产生的无毒沉淀经物理过滤排出缸外，或是转化成一些无毒或毒性相对低的元素。一般在过滤系统中化学过滤的介质是活性炭，它可以去除水中的颜色、气味等等。而化学过滤的介质一旦吸收饱满，就会失去功率，所以需要更换。
而化学过滤在养鱼的过程中主要是通过化学反应的方式吸走鱼缸中残留的药剂、增色食物泡置过久未处理带来的颜色、锦鲤养殖的水长时间没有更换带来的腥味。所以要及时更换新水时，新水中含有的氯，让水质保持清新。
我们饲养锦鲤的过滤系统中化学过滤的材料有：水质稳定剂、pH调节剂、清水剂等，还有上面说的吸附气味、颜色的活性炭，还有吸附氨气的石头等。
由于活性炭的空隙多，且当活性炭在吸附过程中一旦达到饱和的状态就会停止工作，清洗起来也比较麻烦，也不会洗的特别干净，所以一般活性炭不建议使用第二次。
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