前面说到寄生虫也会引起锦鲤肠炎，但是寄生虫引起的肠炎方式是内寄引起的锦鲤肠炎。内寄就是在锦鲤的内脏有寄生虫。那锦鲤鱼内部为什么会有寄生虫呢？
锦鲤内寄有可能是投喂锦鲤的饵料（活饵），没有经过杀虫消菌，直接投喂锦鲤，在活饵上的寄生虫就会附着在锦鲤的内壁上，以锦鲤本身的营养、血液为食物来存活，从而破坏了锦鲤本身的肠道功能。锦鲤就开始表现为拒食、厌食，使锦鲤的体色变暗，锦鲤的新陈代谢的排泄也会能减少，还会伴随有脓样的白便，严重时，还会趴缸、无精打采，脱离群体游动。这就是内寄引起的锦鲤肠炎。
还有一种内寄可能是因为水质恶化，寄生虫大量繁殖，随着张开嘴而使幼虫进入锦鲤内部，引起内寄。同样是以锦鲤本身的营养来存活，从而破坏锦鲤的耐脏功能。
而这些内寄的寄生虫一般都是小型虫。最明显的表现是锦鲤的粪便为实心白便或是托便，看到这就有可能是内寄引起的锦鲤肠炎。小型虫一般是选用痢特灵每100公升水下4——6颗粒的痢特灵，药浴三天。看到锦鲤有大量的白便排出就停药并且换水。
大型寄生虫引起锦鲤肠炎要选用肠虫清搅拌饲料，10——15厘米的小锦鲤，每10条用1/4片配饲料投喂，一天一次，30厘米的鱼每天1/3片。看到有虫体排出就可以停药换水。但是要注意，当看到有虫体最好马上捞出，避免其他鱼只也发生寄生虫引起的肠炎。
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